一般来说，新生儿肝炎症状起病较缓。常在生后数天或数周内出现黄疸，持续时间较长，伴随食欲下降、恶心、呕吐、消化不良、体重不增等症状。大便出现颜色变浅，严重时可能现灰白色，出现时浅时深的动态变化。尿色深黄，少数脾脏会较大。
新生儿肝炎与胆道闭锁的鉴别参考：
胆道闭锁与新生儿肝炎的早期临床表现及体征相近，皆表现有黄疸、肝肿较大，两者鉴别较困扰。两者有不同的临床病变发展过程，也就有不同的治疗方式。前者通过早期外科手术，才能获得胆汁引流。
病史及体征
肝炎男婴较女婴多，而胆道闭锁女婴较男婴为多。
肝炎时肝肿大较胆道闭锁为轻，胆道闭锁肝肿大明显，质硬边钝，常伴有脾肿大。
黄疸在肝炎时一般较轻，有波动性改变，治疗有明显减轻的情况；胆道闭锁黄疽呈持续性加重，白陶土色粪便。
实验室检查
血清胆红素动态检测：肝炎随治疗病情发展血清胆红素浓度曲线逐渐下降，胆道闭锁随病情发展血清胆红素浓度曲线则呈持续性升高。
低密度血浆脂蛋白-X(Lp-X)测定：胆道闭锁时，胆汁在肝内淤滞，血清Lp-X则会升高；新生儿肝炎早期呈阴性。